مهمترین معبر اصلی و مرکز تجاری شهر نایین در قدیم بازار تاریخی نایین بوده که از وسط بافت تاریخی نایین می گذشته است. ورودی بازار به عنوان یکی از دروازه های قدیم شهر بوده که به دروازه تاریخی چهل دختران معروف می باشد .

باغ مصلی نائین که یکی از آثار باستانی قابل توجه این شهر است، باغی وسیع و زیبا که تا چند سال پیش تفرجگاه مردم در ایام تعطیل بوده و بقعه داخل آن نیز زیارتگاه نائینی‌ها بشمار می‌رفت.

یکی از حمام‌های تاریخی موجود در شهرستان نایین، حمام قدیمی کلوان است که به دوران صفویه به بعد مربوط است. این حمام از جمله جاذبه های استان اصفهان میباشد.

مسجد شیخ مغربی مربوط به دوره قاجار است و در استان اصفهان، شهرستان نایین، بخش مرکزی، شهر نایین، محور بازار قدیمی، اواسط بازار واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۸۷ به‌ عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.

در فاصله یک کیلومتری روستای بنوید کوهی است زرد مایل به سفید که تفرجگاه ساکنین و از مراتع دامداری آنجا به نام سرچه و بر مسیر کلوت‌های ززر زمین آنجا کلا از بنوید سفلی به سمت نایین کلوتی بوده که در پشت آن آب باران‌ها جمع می‌شد و قدیم با کندن این کلوت‌ها در زمان زرتشتیان ماوای ساکنین بوده و مردم شترهایشان را در آنجا نگهداری می‌کردند.

آسیاب آبی ریگاره در محمدیه‌ی شهر نایین به عنوان یکی از شاهکارهای معماری و هنری شهر نایین محسوب می‌گردد. این آسیاب با تکنیک و روش کند و به وسعت بسیار زیاد به طول دست کم 150 متر و عمق 30 متر در دل خاک ایجاد شده است.

آب انبار معصوم خانی را شاید بتوان معروف‌ترین آب‌انبار شهر نایین دانست. این آب‌انبار یکی از چندین آب‌انبار محله «چهل دختران» به شمار می‌رود، مخزنی استوانه‌ای شکل با قطر ۱۸ متر و عمق ۱۲ متر و ۶۴ ردیف پله دارد.

یکی از مهمترین مساکن سنتی شهر نائین خانه تاریخی امامی می باشد .این خانه در محله تاریخی کلوان از محلات تاریخی شهر نائین واقع گردیده است .اصل بنای مذکور متعلق به دوران صفویه بوده ولیکن در دوره های بعدی یعنی دوره قاجار تغییراتی را در فضاها و معماری آن شاهد هستیم.

آتشکده سپرو در روستای سپرو در ۳۰ کیلومتری شمال‌غربی شهر نایین بر فراز شیرکوه جا خوش کرده است. این آتشکده که مردم محلی به آن «چهاردری» نیز می‌گویند، در لیست آثار باستانی متعلق به دوران ساسانیان ثبت شده و اکنون در حال ترمیم و بازسازی است.

این منطقه با وسعت ۳۰۵۸۵۴ هکتار در ۱۰۰ کیلومتری شمال شرق شهر نایین واقع شده است. این منطقه مشتمل بر دشتها و سلسله کوههای به هم پیوسته می‌باشد که یک زیستگاه بکر و دست نخورده‌ای را در قلب کویر برای انواع گونه‌های گیاهی و جانوری فراهم آورده است.