تمامی آثار طبیعی موزه در زمینه‌های علوم گیاهی-جانوری، زمین‌ شناسی و جغرافیایی به همت و سرمایه شخصی دکتر جعفریان جمع آوری شده اند. او این آثار را در مدت ۳۷ سال از نقاط مختلف ایران و خارج از کشور گردآوری، خریداری، مبادله یا تهیه کرد و در نهایت به صورت طبقه بندی شده در بخش های مختلف در معرض دید عموم قرار داد. این موزه هر ساله میزبان گردشگران بومی و غیر بومی می باشد.

سالن جانوران بدون مهره شامل انواع تک سلولی ها، اسفنج ها، مرجان ها، خارپوستان، نرم تنان و بندپایان

سالن گیاه شناسی شامل انواع گیاهان گلدار، بی گل، دارویی و صنعتی ایران، مجموعه گیاهان خشک (هرباریوم) و مقایسه آنها با نمونه های خارج از کشور و اثر برگ و ساقه درختان فسیل شده مربوط به دوران گذشته اروپا و ایران

سالن زمین شناسی شامل کلیه مواد تشکیل دهنده پوسته جامد زمین، کانی ها، کریستال ها، سنگ های معدنی، رسوبی، آذرین و دگرگونی و ساخت های رسوبی دریایی و قاره ای سنگواره ها یا فسیل های دریایی دوران های گذشته از ۵۸۰ میلیون سال قبل تاکنون

سالن جغرافیای طبیعی و نقشه ها شامل نقشه های توپوگرافی و جغرافیایی، نقشه های برجسته شهری و طبیعی و زمین شناسی، نقشه های زمین شناسی و زمین ساختی ایران و ...

سالن جانوران مهره دار شامل انواع ماهیان، دوزیستان، خزندگان، پرندگان و پستانداران

سالن کمک آموزشی و دیدنی های جهان خلقت شامل وسایل کمک آموزشی در علوم زیست شناسی، زمین شناسی و جغرافیای طبیعی