بنای تاریخی خواجه خضر یکی از آثار تاریخی ارزشمند استان خراسان جنوبی و شهرستان بیرجند است. این بنای تاریخی به لحاظ استقرار مکانی در خیابان منتظری ، کوچه پست قدیم مقابل حسینیه و مدرسه شوکتیه قرار دارد. به دلیل این که در زمان ساخت این بنا اطراف آن آرامگاه بوده ارزش فراوانی جهت ادای نماز میت و مراسم تدفین برای اهالی در بافت شهری داشته است. آنچه درباره پیشینه این بنا می توان به آن استناد کرد آن است که بنای مزبور دارای دو بانی به نام های خواجوی و منصف بوده است و زمان ساخت آن به دوره قاجاریه بر می گردد در مجموع شیوه طراحی بنا به صورت تک ایوانی است و با نمای آجری که به شکل خفته راسته چیده شده است . دیوارهای بنا تماماً از خشت خام با رویه کار خشت پخته می باشد .

از عوامل تزئین شده بنا می توان به شرح ذیل نام برد : ۱- هشتی ورودی با فضای گنبدی آن ۲- طاق نماهای قرینه در دو طرف پاکار قوس پیش طاقایوان بصورت مقرنسکاری ۳- گنبد ایوان که در زیر آن از تزئینات رسمی بندی استفاده شده است . ۴- طاقنماهای تزئینی بکار رفته در دو جبهه صحن بنا ۵- شکل و فرم خاص هشتی های طبقه اول ۶-این بنا به دلیل نوعی مسجد آرامگاه محسوب می گردد و نمونه آن در استان خراسان بصورت محدود می باشد و نشانگر آداب و رسوم تدفین در آن زمان می باشد .در مجموع بنای خواجه‌خضر از نظر نوع نقشه تک‌ایوانی و در دو طبقه هم‌کف و اول ساخته شده و به طور کلی نوعی قرینه‌سازی در آن به کار رفته که اجزاء مختلف و عناصر گوناگون در این بنا نشانگر این موضوع است.

فضای ورودی بنا را یک سردر تشکیل می‌دهد که عاری از تزئینات ساخته شده و فقط نوعی آجرکاری به شکل هندسی در دو طرف پایه‌های آن به کار رفته است.
هم‌چنین این فضای ورودی نسبت به فضاهای دیگر بنا کوچک و کم‌اهمیت طراحی شده و برای دسترسی به صحن این بنا از یک هشتی و دالانی که به طور مستقیم بعد از آستانه در واقع شده عبور کرد.
در قسمت هشتی یک طاق‌نمای سکودار تعبیه است اما دیوار دالان هیچ اجزائی در خود ندارد.
این بنا به شماره ۱۸۸۳ در فهرست آثار تاریخی ایران به ثبت رسیده است.

بنای تاریخی خواجه خضر در شهر بیرجند، روبروی مدرسه شوکتیه قرار دارد، این بنا از معدود بناهایی با کاربری مسجد و آرامگاه است که در عصر قاجار احداث شده و پلان تک ایوانی، تزئینات آجرکاری و رسمی‌بندی ایوان از ویژگی‌های منحصر به فرد آن بشمار می آید. درباره ی تاریخچه ی بنای خواجه خضر روایات بسیاری وجود دارد و نظریات گوناگونی بیان شده است، اما با توجه به شواهد موجود بنظر می رسد، این بنا دو بانی به نام‌های خواجوی و منصف داشته و زمان ساخت آن به عصر قاجاریه برمی‌گردد.

بنای خواجه‌خضر از نظر نوع نقشه تک‌ایوانی بوده و در دو طبقه ساخته شده است، اجزاء مختلف و عناصر گوناگون در این بنا بیانگر نوعی قرینه‌سازی در طراحی بنا می باشد، همچنین در طراحی و ساخت سردر فضای ورودی بنا تزئیناتی بکار نرفته و تنها نوعی آجرکاری به شکل هندسی در دو طرف پایه‌های آن استفاده شده است. فضای ورودی کوچک تر از فضاهای دیگر طراحی شده و برای دسترسی به صحن این بنا باید از یک هشتی و دالانی که به طور مستقیم بعد از آستانه در واقع شده عبور کرد. در زمان ساخت بنا، اطراف آن تماما قبرستان بوده و گمان آن میرود که از این بنا برای انجام مراسم تدفین و خواندن نماز استفاده می شده است. این اثر جزو آثار به ثبت رسیده ملی ایران به شمار می آید.