مدرسه «حبیبیه» یکی از قدیمی ترین مدارس علمیه خراسان جنوبی با قدمت 500 سال مربوط به دوره صفویه است که بارها و بارها در اثر حوادث روزگار و زلزله تخریب و بازسازی شده است و این بنا به خاطر قدمت و زیبایی کم نظیر امروزه در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده و علاقمندان با سفر به شهرستان زیبای فردوس می توانند از این بنای تاریخی و منحصر به فرد بازدید کنند.

این مدرسه قدیمی در شهر قدیمی تون(فردوس امروزی) در کنار مدرسه علمیه علیا واقع شده و از مدارس دو ایوانی دوره صفوی محسوب می شود که دارای دو مدرس ، هشتی، پیش خوان، میان سرا، مسجد و حجره هایی در اطراف است.

 ورودی ضلع شمالی مدرسه از داخل به باغ سر سبز و زیبای باز می شود و از ضلع جنوبی هم این مدرسه به بازار قدیمی شهر تون یا همان فردوسی امروز راه دارد.

این مدرسه در سال 918 هجری قمری توسط فرد خیری به نام میرزا حبیب الله امانی، پسر علاءالدین تونی ساخته شده و طراحی مسجد به گونه ای است که در تمام فصول سال، آفتاب در هنگام ظهر صحن مدرسه را به طور کامل فرا می گیرد.

همچنین در زلزله سال 74 فردوس قسمتی از مدرسه تخریب شد که پس از این واقعه نسبت به مرمت و بازسازی آن اقدام شد و امروزه فرم کلی بنا دارای پلان دو ایوانی با حیاطی مرکزی است که حجره ها در اطراف آن قرار گرفته و در قدیم ایوانچه های جلوی حجره ها محل بحث طلاب بوده است.

ورودی اصلی بنا از جبهه جنوبی و به وسیله صفه ای به ارتفاع یک متر صورت گرفته که دور تا دور صفه را طاق نماهایی با قوس جناقی فرا گرفته که دهانه طاق میانی ضلع شمالی صفه بیشتر از سایر نقاط مدرسه است و همچنین در جلو صفه، گذرگاهی است با عرض حدود پنج متر که به راسته بازار شهر تون متصل شده است.

تزیینات این بنا شامل آجرکاری های هشتی بنا و کاربندی و رسمی بندی سقف مسجد و فضای های مجاور هشتی و پنجره ها می شود و این بنا در 14 بهمن سال 55 با شماره ثبت1312 در فهرست میراث ملی کشور و خراسان جنوبی ثبت شده و امروزه این بنا به عنوان یک بنای تاریخی برای بازدید علاقمندان در نظر گرفته شده و مدارس جدیدی برای طلاب شهرستان فردوس ساخته شده است.

لازم به ذکر است شهرستان فردوس در195 کیلومتری شمال غربیشهرستان بیرجند به عنوان مر کز استان قرار دارد و در این شهرستان 186 بنای تاریخی از جمله مدرسه علمیه علیا و حبیبیه در فهرست آثار ملی ثبت شده اند که علاقمندان با حضور در به محل تاریخی شهر تون می توانند از این دو مدرسه علمیه و سایر بناهای تاریخی شهرستان فردوس بازدید کنند.

مدرسه علمیه حبیبیه فردوس در سال ۹۱۸ هجری قمری توسط میرزا حبیب‌الله امانی تونی ساخته شده است.

مدرسه علمیه حبیبیه دارای هشتی، پیشخوان، میان سرا، مسجد و حجره‌هایی در اطراف خود است.

طراحی مدرسه علمیه حبیبیه فردوس به گونه ای است که در تمام فصول سال آفتاب هنگام ظهر تمام صحن مدرسه را فرا می‌گیرد.

مدرسه حبیبیه قدیمی‌ترین مدرسه علمیه در خراسان جنوبی است.

مدرسه علمیه علیا فردوس نیز در مجاورت مدرسه علمیه حبیبیه فردوس قرار گرفته است.