مزار شاهزاده حسین مربوط به دوره سلجوقیان است و در شهرستان قائنات، بخش مرکزی، جبهه شرقی شهر قاین، حدود ۵۰۰ متری مسجدجامع قاین واقع شده است.

تپه مزار شاهزاده حسین به صورت تپه ای کوچک و ارتفاع تقریبی حدود ۴ متر در حاشیه شرقی شهر قاین در اراضی مشهور به شهر قدیم و در مجاورت بقایای خندق شهر واقع شده است.

این تپه در نزد عموم به عنوان زیارتگاه از احترام خاصی برخوردار است بر سطح تپه از دوره صفوی بقایای بسیار ناچیزی از یک بنای آرامگاهی باقی مانده بود و این آثار فقط شامل بقایای دیوار ضلع غربی به ارتفاع حدود ۵۰ سانتیمتر بود که از مصالح خشت و ملات گل ساخته شده بود.

مرحوم آیتی در بهارستان می نویسد : در سال ۸۷۴هجری وقتی سلطان حسین بایقرا از فتوحات فارغ شد و هرات را مرکز حکومت خود قرار داد. سه پسر از فرزندان شاه سلطان حسین بایقرا به نامهای محمد معصوم میرزا ، ابراهیم حسین میرزا و حیدر میرزا که هریک مدتی در قاین حکومت کردند هر سه در محل مزار شاهزاده حسین دفن می باشند اینکه آیا شخصیت دیگری هم در این محل دفن گردیده نامشخص می باشد و شاید بهمین دلیل به مزار شاهزاده حسین نامگذاری شده باشد.

یک قطعه سنگ قبر دوره صفوی به همراه صورت قبری بزرگ و منسوب به شاهزاده حسین در کف بنا باقی مانده بود در جریان عملیات گمانه زنی اراضی شهر قدیم قاین این تپه به طور کامل آوار برداری شد که در نهایت در عمق ۳ متری آثار چند جرز قطور سنگی با ملات گچ و چندین کف آجر فرش و بقایایی با اندود گچ به دست آمد.

شواهد و قراین موجود بر تعلق اثر به دوره سلجوقی صحه می گذاشت که در نهایت با ادامه کار حفاری دیوار نوشته ای به تاریخ سال۵۵۳ ه.ق به دست آمد و مشخص شده این اثر قبل از سال ۵۵۳ ه.ق ساخته شده و تعلق آن به دوره سلجوقی قطعی گردید و با ادامه کار حفاری تپه مذکور بقایای یک بنای دوره سلجوقی به دست آمد.

در کاوشهای باستان شناسی شهر قدیم قاین سفالهایی مربوط به دوره آهنی حدود هزاره دوم پیش از میلاد و اشیایی از جمله قطعه های سفالی ، فلز ، شیشه و سنگ که بیشتر جنبه مطالعاتی دارند و مربوط به قرون اولیه اسلام تا دوره تیموری اند، کشف شده است .